Slackは仕様上、解除後のアカウントもAPIでの取得が可能となっています。
解除済アカウントであってもアカウントとしては存在しているため、紐付くメンバーの［利用中のアプリ］に「Disabled」アカウントとして表示されます。
［利用中のアプリ］に表示させない方法としては、以下のいずれかの対応方法をご確認ください。
Slack側で対象のアカウントのプロフィールを削除する
プロフィールを削除すると、「メールアドレス」などの情報がアカウントから削除されるため、多くの場合メンバーとの紐付けが解除され、［利用中のアプリ］に表示されなくなります。
Slack公式ヘルプ
Slack からプロフィール情報を削除する
※プロフィールを削除しても「deactivateduser」アカウントとして引き続き同期されます。
メンバーとの紐付けが解除された場合、そのアカウントはシャドーアカウントとして扱われます。シャドーアカウントに関しては、以下のヘルプを参考に、適切なアカウント（システムアカウントやゲストアカウントなど）に紐付けてください。
アカウント除外フィルタを設定する
アカウント除外フィルタを設定し、アカウント同期時に解除済アカウントを取得しないようにすることで、［利用中のアプリ］に表示されなくなります。
［マイアプリ］> Slack >［設定］>［除外フィルタ］にて、以下のように設定をします。
アカウント除外フィルタの詳細については、こちらの［マイアプリ］アカウント除外フィルタを設定するをご確認ください。